Le chakra est la source d'énergie qui permet aux ninjas d'effectuer des techniques spéciales, nommées jutsu. Généré dans le corps, il est le résultat de la combinaison de l'énergie physique et de l'énergie spirituelle du ninja. Le chakra circule dans le corps dans un réseau de chakra, comparable à des vaisseaux sanguins; mais ayant un débit limité par huit portes et passant par 361 tenketsu, points permettant par une pression, soit d'augmenter, soit de diminuer (voire de stopper) les flux de chakra. Ainsi, les techniques des 64 et des 128 coups divins de la famille Hyûga peuvent, grâce au Byakugan, stopper les flux de chakra de l'adversaire.

• Les huit portes (ouvrables grâce à la forme verso du lotus de Konoha par exemple) contrôlant constamment le flux de chakra qui circule dans le corps sont dans l'ordre suivant :

1. la porte initiale
2. la porte de la guérison
3. la porte de la vie
4. la porte de la blessure
5. la porte de la rétention
6. la porte de la contemplation
7. la porte de l'extase
8. la porte de la mort

Ouvrir ces portes permet d'augmenter jusqu'à dix fois la force de son utilisateur. Cependant, l'ouverture des portes entraînent des conséquences extrêmement nuisibles. Ainsi, le lotus de Rock Lee est déclaré interdit (Kinjutsu). L'ouverture de l'ensemble des portes permet au ninja d'acquérir temporairement une puissance colossale que l'on dit "supérieure à celle d'un Hokage"; toutefois, cette faculté ne s'obtient qu'au prix de sa propre vie.

• Les jutsu liés aux divers éléments de la nature que l'on appelle ninjutsu ne peuvent être effectués qu'avec un type de chakra précis. C'est le principe des affinités ninja : la plupart des ninjas sont prédisposés à contrôler un ou plusieurs éléments en fonction de leur type de chakra. Les 5 grands pays ont tiré leurs noms de ces divers éléments.

Genjutsu

Le Genjutsu est l'art des illusions et des artifices. Cette technique consiste à manipuler les liaisons synaptiques qui s'effectuent dans le cerveau afin de dérégler les organes perceptifs. Ces troubles de la perception sont causés par l'injection de Chakra dans l'encéphale. C'est un type de jutsu qui requiert un haut niveau intellectuel. Les ninjas qui maîtrisent le Genjutsu peuvent leurrer leurs adversaires en jouant sur leur environnement. La victime sera alors plongée dans une sorte de rêve éveillé : elle aura l'impression de percevoir, ouïr et sentir des choses. Ainsi, le ninja peut dominer son adversaire en le manipulant. On distingue communément deux types de Genjutsu :

1. Le Genjutsu classique : Il comprend les jutsus ordinaires tel le clonage, la métamorphose ou la substitution.
2. Le Genjutsu de haut niveau : Il permet de détruire l'esprit de l'adversaire ou de modifier totalement son espace sensitif

Taijutsu

Le Taijutsu est l'art du combat au corps à corps. Le taijutsu renvoie donc à toutes les techniques des arts martiaux ou faisant intervenir le corps du ninja dans un combat rapproché. Le taijutsu nécessite une force physique considérable et une importante vitesse de déplacement. Ce type de jutsu n'utilise usuellement pas de Chakra, il s'agit le plus souvent d'un ensemble de coups de poing/coups de pied, de bloquages, de détériorations osseuses, de sauts, de déplacements agiles et de parades. Toutefois, l'ajout de Chakra à la capacité de perfectionner ou de renforcer une technique.

• Dans le monde de Naruto, il existe deux branches du Taijutsu :

1. Le Gōken (Poing dur) - Il s'agit du style de combat coutumier, le plus répandu. Le Gōken est axé sur des critères bien définis tel l'exigence d'une force physique colossale et la necessité d'une grande agilité. Le Gōken consiste à infliger des dommages corporels externes comme des fractures ou des hématomes. La plupart des ninjas pratiquent ce style mais les réels spécialistes en ce domaine sont Maito Gai et son disciple Rock Lee.
2. Le Juken (Poing souple) - Ce style de combat est très rare, il est connu uniquement du clan Hyûga. Le Juken ne peut se pratiquer qu'avec le Byakugan car il demande une vue parfaite des méridiens et des cavités de Chakra (tenketsu). Il inflige des dommages internes par des pressions sur les tenketsu qui diminue ou stoppe le flux de Chakra. Le système circulatoire du Chakra étant enchevêtré avec les organes internes, une simple perturbation occasionnerait de lourds dégâts.

• Exemples de techniques de style Gōken :

• Exemples de techniques de style Juken :

Dōjutsu

Le Dōjutsu est l'art d'utiliser les pupilles. Ce type de jutsu est exclusivement d'ordre génétique et ne peut donc être appris par tous les ninjas. L’utilisation de ces yeux permet selon les dōjutsu de percevoir les flux de chakra ou encore d'accroître sa capacité de perception. Ceci permet alors au ninja d'avoir une meilleure lecture du combat et donc de mieux anticiper les différents jutsu. Les dōjutsu disposent d'une haute capacité analytique mais aussi de bonnes aptitudes offensives. Les seuls détenteurs actuels d'un tel pouvoir sont le clan Uchiwa et le clan Hyûga; l'un possède le Sharingan et le Kaléidoscope hypnotique du Sharingan, l'autre le Byakugan.

• Le Sharingan (Œil reproductif) - Cet œil accorde à son utilisateur de grandes capacités de perception. Il permet de distinguer avec bien plus de netteté et de précision, de voir plus loin et également de deviner les mouvements de l'adversaire. Toutefois, son principal atout est le pouvoir de copier n'importe quelle technique de ninjutsu, de genjutsu et de taijutsu vue auparavant. Il existe différents niveaux d'évolution de Sharingan qui se révèle par le nombre de tomoes (virgules noires) placées autour de la pupille. Le Sharingan n'est pas maîtrisable par tous les Uchiwa, certains peuvent ne pas y arriver. Le sharingan a été créer a partir d'un byakugan et du sang du clan Uchiwa.

• Le Mangekyō Sharingan (Kaléidoscope hypnotique du Sharingan) - Ce dōjutsu est la forme ultime du Sharingan. Il conserve les pouvoirs de sa forme précédente, en incommensurablement plus fort, tout en permettant au porteur d'utiliser les Arcanes Lunaires. Il s'agit de techniques extrêmement puissantes, correspondant à une trinité divine de la mythologie japonaise : Amaterasu (Déesse du Soleil), Tsukuyomi (Dieu de la Lune) et Susanoo (Dieu du Ciel). Pour acquérir cet aspect du dōjutsu des Uchiwa, il faut tuer son meilleur ami cependant Kakashi, lui, ne l'a jamais fait mais dispose quand même du Mangekyō Sharingan. D'autre part, le Susanoo ne se déclenche qu'après utilisation d'Amaterasu et de Tsukuyomi.il existe egalement des "arcanes solaires" qui requièrent d'avoir sauver son meilleur ami.La seule technique d'"arcanes solaires" connues à ce jour permet d'aspirer l'ennemi dans une autre dimension.kakashi l'utilise contre deidara.

• Le Byakugan (Œil blanc) - Le Byakugan est un dōjutsu qu'on trouve naturellement chez tous les membres du clan Hyûga. Il offre une fantastique capacité visuelle : il permet d'avoir une vue à 355° degrés et de voir à travers toutes choses dont les cavités de Chakra (tenketsu). Il permet également de voir jusqu'à 800m et d'utiliser un taijutsu particulier, le Juken. En effet sans le Juken le byakugan n'a rien d'une arme contrairement au Sharingan,de plus lors du combat entre Naruto et Neji puis Naruto contre Sasuke on verra que le byakyugan ne permet pas de découvrir l'original des clones lors de l'utilisaton du multi-clonage contrairement au sharingan, en effet Sasuke sait de suite qui est le vrai.

• Le Rinnegan - Le Rinnegan est le plus puissant des dōjutsu le seul à l'avoir possédé était Le Sage des 6 Chemins ou le Sage des 6 royaumes, le précurseur de tout les shinobis et le créateur du ninjutsu. On ne sait rien de ce jutsu a part le fait qu'il permet d'utiliser toutes les affinitées, Pein le chef de l'Akatsuki le possède.

Fūin jutsu

Le Fūin jutsu est l'art de sceller. Ce savoir-faire requiert une haute expérience. Le Fūin jutsu permet d'emprisonner des entités dans un corps ou d'agir sur les aptitudes physiques et mentales de l'individu scellé. Ce type de jutsu laisse toujours une marque significative sur le corps.

• Exemples de Fūin jutsu :

Jūin jutsu

On distingue également un autre style de sceau, le Jūin jutsu qui est l'art d'infliger des sceaux maudits.

• Exemples de Jūin jutsu :

Kubiwa Jūin

Gogyō Fūin

Kuchiyose no jutsu

Le Kuchiyose no jutsu est l'art d'invoquer. Ce type de jutsu permet au ninja de faire apparaître des armes ou des objets, d’invoquer des animaux ou des démons, ou encore de ressusciter des morts. Le Kuchiyose no jutsu peut aussi faire appel à une personne, c'est le cas de Iruka Umino invoqué par Sakura et Naruto lors de l'examen Chūnin à l'aide des parchemins du Ciel et de la Terre. Ces techniques, selon le type d’invocation, ne demandent pas les mêmes préparatifs. Ainsi, l'invocation d'animaux réclame la signature d'un pacte sanguin alors que l'invocation d'armes nécessite le scellage dudit outil dans un rouleau.

Kinjutsu

Le Kinjutsu est l'art d'utiliser les jutsu prohibés. Cette catégorie regroupe les jutsu déclarés interdits jugés extraordinairement puissants, extrêmement dangereux ou encore contraire à l'éthique. Ces puissants jutsu protégés secrètement par le Kage lui-même dans des rouleaux, ont été défendus pour des raisons propres à la technique. Pour le ninja d’un village, il est théoriquement interdit d’exploiter ou de professer un tel savoir sauf si des évènements cruciaux se présentent. De ce fait, Sandaime Hokage fera usage du Shiki Fūjin pour protéger le village de Konoha. Toutefois, les ninjas maîtrisant de tels jutsu sont peu nombreux; pour ce qui est de l'éthique le sexy jutsu fait partie des Kinjutsu ainsi que tous ces dérivés développés par Naruto et Konohamaru.

• Exemples de Kinjutsu :

Senjutsu

C'est une forme de ninjutsu utilisant l'énergie de la nature en plus de l'énergie physique et spirituelle, dans le but de créer une nouvelle forme de chakra plus puissante permettant de décupler les forces du ninja, améliorant ses jutsus et facilitant la récupération.

Ce jutsu appellé "technique de l'ermite" est enseigné par les crapauds du mont Myobokou, c'est un entraînement qui nécessite plusieurs étapes :

1. Ressentir l'énergie spirituelle à l'aide de l'huile des crapauds permettant d'attirer l'énergie
2. Malaxer l'énergie naturelle avec les deux autres énergies de manière égale
3. Refaire cela sans l'huile

L'entraînement est extrêment difficile car il faut rester parfaitement immobile pour sentir et attirer l'énergie naturelle. Ensuite il faut mélanger de manière équitable les trois chakras. En cas d'échec la sentence est la métamorphose permanente en crapaud. En raison de ces difficultés, seuls Jiraya et Naruto sont parvenus à achever l'entraînement. Naruto est l'unique ninja à avoir réussi à équilibrer parfaitement les trois chakras. Jiraya n'y est pas parvenu et, par conséquent, se transformait un peu en grenouille.

Il semble que lorsque l'on sort du mode ermite (arrêt de l'utilisation de l'énergie naturelle) on soit sujet à une grande fatigue physique.